DNA środowiska morskiego wyspy Saona: wykrywanie ukrytej różnorodności biologicznej morza na podstawie próbek wody

Wprowadzenie

Morze Karaibskie otaczające wyspę Saona charakteryzuje się złożonym środowiskiem morskim. Wiele organizmów można obserwować poprzez snorkeling, nurkowanie, fotografię podwodną i konwencjonalne badania naukowe. Jednak niektóre organizmy są trudne do bezpośredniej obserwacji, ponieważ są małe, rzadkie, ukryte, mobilne lub aktywne w różnym czasie.

DNA środowiska, powszechnie zwane eDNA, oferuje inny sposób badania różnorodności biologicznej morza. Organizmy pozostawiają materiał genetyczny w swoim otoczeniu poprzez śluz, komórki skóry, łuski, odpady i inny materiał biologiczny. Naukowcy mogą pobierać próbki wody lub osadów i analizować znalezione w nich ślady DNA.

To podejście może pomóc badaczom zbadać, które grupy organizmów mogły ostatnio znajdować się w pobranym środowisku, bez wychwytywania lub bezpośredniej obserwacji każdego organizmu.

W przypadku wyspy Saona morskie eDNA stanowi interesujące potencjalne narzędzie badawcze umożliwiające zrozumienie różnorodności biologicznej przybrzeżnych. W tym artykule wyjaśniono technologię, jej zastosowania naukowe i ograniczenia. Nie twierdzi, że na wyspie przeprowadzono już konkretne badanie eDNA lub wykryto gatunki.

1. Co to jest DNA środowiska?

DNA środowiska to materiał genetyczny pobrany bezpośrednio z próbki środowiskowej, a nie z organizmu pobranego specjalnie do analizy genetycznej.

W środowiskach morskich eDNA może przedostać się do wody poprzez:

• Złuszczające się komórki skóry i łuski
• Śluz i inne wydzieliny
• Kał materiał
• Komórki rozrodcze i larwy
• Małe fragmenty tkanek
• Rozkład materiału biologicznego

Ślady te mogą zawierać sekwencje genetyczne, które badacze porównują z referencyjnymi bazami danych DNA.

Na przykład próbka wody może zawierać materiał genetyczny kilku organizmów. Analiza laboratoryjna może pomóc w zidentyfikowaniu niektórych grup biologicznych reprezentowanych w tej próbce.

NOAA opisuje eDNA jako materiał genetyczny rozsiewany przez organizmy do otoczenia i wyjaśnia, w jaki sposób można zbierać i analizować próbki wody morskiej w celu badania życia morskiego.

2. Dlaczego morskie eDNA jest ważne?

Tradycyjne badania różnorodności biologicznej mórz często opierają się na bezpośredniej obserwacji, fotografii, podwodnym filmie wideo, sieciach, pułapkach lub pobieraniu próbek fizycznych.

Podejścia te pozostają ważne, ale mogą nie wykryć każdego organizmu w środowisku.

DNA środowiska może uzupełniać tradycyjne metody, ponieważ może wykrywać ślady organizmów, które są trudne do bezpośredniej obserwacji.

Potencjalne korzyści obejmują:

Nieinwazyjne pobieranie próbek: badacze mogą pobierać wodę bez konieczności wychwytywania każdego organizmu, którego DNA może być obecne.

Szerokie badania przesiewowe pod kątem różnorodności biologicznej: Pojedyncza próbka może zawierać DNA z wielu grup biologicznych, w zależności od metody analitycznej.

Wykrywanie nieuchwytnych organizmów: ślady DNA mogą dostarczyć dowodów na istnienie organizmów trudnych do sfotografowania lub obserwacji.

Powtarzane monitorowanie: Naukowcy mogą pobierać próbki w różnych miejscach i o różnych porach, aby zbadać zmiany w wykrytym DNA.

Wsparcie ochrony: eDNA może pomóc w kierowaniu dalszymi badaniami i identyfikowaniu obszarów, w których warto przeprowadzić dodatkowe badania.

Najlepiej postrzegać ją jako uzupełniającą metodę monitorowania, a nie całkowity zamiennik konwencjonalnych badań ekologicznych.

3. Gdzie można pobrać DNA środowiska morskiego?

Rodzaj próbki zależy od pytania badawczego.

Woda morska

Woda jest jednym z najczęściej używanych rodzajów próbek w badaniach morskiego eDNA. Materiał genetyczny zawieszony w wodzie można zebrać poprzez przefiltrowanie odmierzonej objętości przez odpowiedni materiał filtracyjny.

Próbki można pobrać z powierzchni, w pobliżu dna morskiego lub z wybranych głębokości.

Osad morski

Osad może zawierać materiał genetyczny organizmów żyjących na dnie morskim lub w jego obrębie, a także DNA zdeponowany z otaczającej wody.

EDNA osadu może być przydatne do badania zbiorowisk bentosowych, ale interpretacja może być użyteczna być skomplikowane ze względu na trwałość i ruch DNA w osadach.

Biofilm i materiał powierzchniowy

W niektórych badaniach badacze mogą zbierać materiał z zanurzonych powierzchni lub filmów biologicznych. Metodę pobierania próbek należy dopasować do organizmów i celu badania.

Różne typy próbek mogą reprezentować różne sygnały biologiczne. Próbki wody morskiej nie należy automatycznie traktować jako pełnego wykazu organizmów żyjących w otaczającym ją środowisku.

4. Jak działa badanie eDNA?

Typowy morski projekt eDNA składa się z sekwencji działań terenowych i laboratoryjnych.

Krok 1: Zdefiniuj pytanie badawcze

Naukowcy najpierw decydują, co chcą zbadać.

Przykłady obejmują:

• Wykrywanie konkretnego celu gatunki
• Badanie przesiewowe kilku grup ryb
• Porównywanie sygnałów różnorodności biologicznej między siedliskami
• Monitorowanie zmian w czasie
• Badanie możliwej obecności organizmów obcych

Pytanie określa miejsca pobierania próbek, rodzaj próbki, markery genetyczne i metody laboratoryjne.

Krok 2: Pobieranie próbek środowiskowych

Naukowcy zbierają wodę lub osad przy użyciu odpowiedniego sprzętu.

W przypadku wody morskiej może to obejmować sterylne butelki do pobierania próbek, próbniki wody lub sprzęt wyekwipowany ze statku badawczego.

Każda próbka powinna być rejestrowana wraz z ważnymi informacjami, takimi jak:

• Miejsce pobrania próbki
• Data i godzina
• Woda głębokość
• Objętość próbki
• Temperatura wody
• Zasolenie, w stosownych przypadkach
• Sprzęt do pobierania
• Metoda konserwacji

Krok 3: Przefiltruj próbkę

Próbki wody są zwykle przepuszczane przez filtr przeznaczony do zatrzymywania cząstek biologicznych i materiału zawierającego DNA.

Wielkość porów filtra i objętość próbki zależą od docelowych organizmów, warunków wody i badań celów.

Bardzo mętna woda może szybko zatkać filtry, natomiast niskie stężenia DNA mogą wymagać starannej optymalizacji metody pobierania próbek.

Krok 4: Konserwacja próbki

DNA może ulec degradacji po pobraniu. Dlatego też niezbędne są odpowiednie procedury przechowywania i konserwacji.

W zależności od badania filtry lub próbki można zamrozić lub poddać działaniu zatwierdzonej metody konserwacji.

W przewodniku dotyczącym pobierania próbek opracowanym przez Patina i Goodwina podkreślono, że konserwacja, zapobieganie zanieczyszczeniom i wybór protokołu specyficznego dla projektu to ważne elementy morskich badań eDNA.

Krok 5: Ekstrakcja DNA

W laboratorium badacze stosują procedury ekstrakcji DNA w celu oddzielenia materiału genetycznego od zebranego materiału próbkę.

Uzyskany ekstrakt DNA może zawierać mieszaninę materiału genetycznego różnych organizmów, a także substancje zakłócające analizę molekularną.

Krok 6: Analiza materiału genetycznego

Naukowcy wybierają odpowiednią metodę molekularną, taką jak ilościowa reakcja łańcuchowa polimerazy (qPCR), cyfrowa PCR lub sekwencjonowanie DNA.

Krok 7: Interpretacja wyników

Wykryte sekwencje DNA porównuje się z referencyjnych baz danych i oceniane przy użyciu procedur kontroli jakości.

Ostateczna interpretacja powinna wyjaśniać, co wykryto, z jaką pewnością zostało to zidentyfikowane oraz jakich wniosków nie można wyciągnąć z próbki.

5. Co to jest metabarkodowanie DNA?

Metabarkodowanie DNA to metoda stosowana do identyfikacji wielu grup biologicznych na podstawie próbek środowiskowych.

Naukowcy wybierają region genetyczny, który może pomóc w rozróżnieniu organizmów docelowych. Używają odpowiednich starterów do amplifikacji tego regionu, a następnie sekwencjonowania powstałych fragmentów DNA.

Sekwencje porównuje się z referencyjnymi bazami danych w celu przypisania tożsamości taksonomicznej.

Typowy proces metabarkodowania obejmuje:

1. Pobieranie próbek środowiskowych
2. Ekstrakcja DNA
3. Wybór markerów genetycznych
4. Wzmocnienie reakcji łańcuchowej polimerazy
5. Sekwencjonowanie
6. Przetwarzanie bioinformatyczne
7. Identyfikacja taksonomiczna
8. Ekologiczne interpretacja

Metabarkodowanie jest szczególnie przydatne, gdy badacze chcą przeszukać próbkę pod kątem wielu taksonów, a nie tylko pod kątem jednego wcześniej określonego gatunku.

Metoda ta zależy jednak w dużym stopniu od wyboru startera, jakości referencyjnej bazy danych i procedur bioinformatycznych.

Badanie może nie wykryć organizmu, jeśli jego DNA nie zostanie skutecznie amplifikowane lub jeśli odpowiednia sekwencja referencyjna jest niedostępna.

6. qPCR i wykrywanie eDNA specyficznego dla celu

Ilościowa reakcja łańcuchowa polimerazy, czyli qPCR, jest powszechnie stosowana, gdy badacze chcą zbadać konkretny docelowy DNA.

Test specyficzny dla celu wykorzystuje startery i sondy zaprojektowane do rozpoznawania wybranej sekwencji genetycznej.

Metoda ta może pomóc w odpowiedzi na pytania, takie jak to, czy w próbce wykryto DNA powiązane z określonym gatunkiem.

W odpowiednich, zwalidowanych testach qPCR może pomóc oszacuj także ilość docelowego DNA w analizowanym materiale.

Jednak ilość wykrytego DNA nie jest automatycznie równa liczbie żywych organizmów na danym obszarze.

Na stężenie DNA może wpływać szybkość wydalania, ruch wody, rozcieńczenie, degradacja, objętość próbki i wydajność laboratorium.

Z tego powodu wyniki qPCR wymagają dokładnej interpretacji i odpowiednich kontroli.

7. eDNA i monitorowanie różnorodności biologicznej morza

Monitorowanie różnorodności biologicznej morza ma na celu zrozumienie, które organizmy są obecne w środowisku i jak społeczności biologiczne zmieniają się w czasie.

DNA środowiska może przyczynić się do tej pracy na kilka sposobów.

Badanie społeczności ryb

Naukowcy mogą używać odpowiednich markerów genetycznych do badania śladów DNA społeczności ryb.

Może to uzupełniać badania wizualne i inne metody monitorowania ryb metody.

Monitorowanie bezkręgowców

W zależności od wybranych markerów i referencyjnych baz danych metody eDNA mogą pomóc w wykryciu materiału genetycznego bezkręgowców morskich.

Nadzór gatunków inwazyjnych

Testy specyficzne dla obiektu docelowego lub metakodowanie kreskowe mogą pomóc w przeszukiwaniu organizmów obcych.

Pozytywne wykrycie należy dokładnie zweryfikować przed podjęciem decyzji zarządczych.

Rzadkie lub badania nieuchwytnych gatunków

eDNA mogą pomóc w identyfikacji śladów organizmów, które są trudne do zaobserwowania metodami konwencjonalnymi.

Jednak pojedyncza próbka pozytywna niekoniecznie pozwala na ustalenie dokładnej lokalizacji, liczebności lub aktualnego stanu populacji.

8. Co eDNA może ujawnić na temat wyspy Saona?

Starannie zaprojektowany program badawczy mógłby wykorzystać eDNA do badania różnorodności biologicznej morza w wybranych środowiskach wokół wyspy Saona.

Możliwe pytania badawcze obejmują:

Porównania siedlisk: Czy różne siedliska przybrzeżne dają różne wzorce wykrywania eDNA?

Monitorowanie sezonowe: Czy wykryte profile DNA zmieniają się pomiędzy próbkami okresy?

Badanie społeczności ryb: Jakie sekwencje genetyczne związane z rybami wykrywa się w pobranych próbkach?

Ukierunkowane monitorowanie ochrony: Czy zatwierdzone testy mogą pomóc w badaniu obecności wybranych organizmów priorytetowych dla ochrony?

Zmiana środowiska: Czy obserwacje oparte na DNA zmieniają się wraz z innymi pomiarami warunków wodnych i jakości siedlisk?

Przydatne badanie wymagałoby gromadzenia powtarzanych próbek, uwzględniania odpowiednich kontroli i łączą wyniki eDNA z tradycyjnymi obserwacjami ekologicznymi.

Są to propozycje zastosowań badawczych, a nie twierdzenie, że określone gatunki zostały już wykryte za pomocą eDNA wokół wyspy Saona.

9. Dlaczego ruch wody ma znaczenie

Środowisko morskie jest dynamiczne. Prądy, fale, pływy i mieszanie mogą przenosić DNA z organizmów, które je wypuściły.

Stwarza to istotne wyzwanie interpretacyjne.

Sekwencja DNA znaleziona w próbce wody mogła pochodzić z organizmu znajdującego się w większej odległości. Dokładna odległość zależy od warunków środowiskowych, właściwości materiału DNA i szybkości jego degradacji.

Naukowcy muszą zatem wziąć pod uwagę:

• Cyrkulacja wody
• Aktualny kierunek i prędkość
• Głębokość pobierania próbek
• Czas od uwolnienia DNA
• Temperatura i światło słoneczne
• Aktywność drobnoustrojów
• Ponowne zawieszenie osadu

Pozytywny wynik oznacza, że w próbce znajdował się materiał genetyczny. Nie dowodzi to automatycznie, że organizm fizycznie znajdował się dokładnie w punkcie pobrania próbki.

10. Degradacja i trwałość DNA

DNA środowiska nie pozostaje niezmienione przez czas nieokreślony.

DNA może ulec rozkładowi w wyniku kilku procesów, w tym:

• Promieniowanie ultrafioletowe
• Degradacja zależna od temperatury
• Aktywność mikrobiologiczna
• Aktywność chemiczna procesy
• Fragmentacja fizyczna

Szybkość degradacji różni się w zależności od warunków środowiskowych i rodzaju materiału genetycznego.

Niektóre DNA mogą przetrwać dłużej w chronionych środowiskach osadowych niż w odsłoniętych próbkach wody.

Oznacza to, że wykrycie eDNA może reprezentować niedawny lub starszy sygnał biologiczny, w zależności od środowiska próbki.

Przy interpretacji wyników naukowcy muszą wziąć pod uwagę trwałość i transport, zamiast traktować każde wykrycie jako dowód bezpośredniej obecności organizmu.

11. Zapobieganie zanieczyszczeniom w badaniach eDNA

Zanieczyszczenie jest jednym z najważniejszych wyzwań w badaniach środowiskowego DNA.

Ponieważ techniki molekularne mogą wykryć bardzo małe ilości materiału genetycznego, DNA wprowadzone przypadkowo podczas pobierania próbek lub prac laboratoryjnych może dawać mylące wyniki.

Możliwe źródła skażenia obejmują:

• Wcześniej pobierane próbki sprzęt
• Nieczyste pojemniki do pobierania próbek
• Obsługa bez odpowiednich środków ostrożności
• Zanieczyszczone powierzchnie laboratoryjne
• Odczynniki zawierające niepożądane DNA
• Mieszanie próbek podczas przetwarzania

Dobre procedury kontroli jakości obejmują:

Ślepe próby terenowe: Z czystą wodą stosuje się te same procedury terenowe, aby sprawdzić, czy podczas pobierania próbek nie wprowadzono zanieczyszczeń.

Sprzęt próby ślepe: pomagają ocenić, czy sprzęt do pobierania próbek dostarcza niepożądanego DNA.

Ujemne kontrole laboratoryjne: pomagają zidentyfikować zanieczyszczenia podczas ekstrakcji i amplifikacji.

Kontrole pozytywne: potwierdzają, że proces analityczny może wykryć zamierzony cel w warunkach testowych.

Powtórz próbki: Powtarzane próbki pomagają ocenić spójność i zmienność.

Wykrycie należy oceniać w oparciu o pełną kontrolę jakości zapis, a nie tylko wynik sekwencjonowania.

12. Ograniczenia DNA środowiskowego

Chociaż eDNA jest cennym narzędziem badawczym, ma istotne ograniczenia.

Fałszywie pozytywne wyniki

Fałszywie pozytywne wyniki mają miejsce, gdy test zgłasza cel, który w rzeczywistości nie jest obecny w zamierzonym kontekście pobierania próbek.

Możliwe przyczyny obejmują zanieczyszczenie, transport DNA, amplifikację krzyżową i błędy podczas przetwarzania danych.

Fałszywie negatywne wyniki

Fałszywie negatywne występują, gdy cel jest obecny, ale nie został wykryty.

Możliwe przyczyny to niskie stężenie DNA, słaby pobór próbek, degradacja DNA, nieodpowiednie startery lub hamowanie PCR.

Niekompletne referencyjne bazy danych

Niektórym organizmom może brakować wiarygodnych sekwencji referencyjnych. Może to ograniczyć możliwość dokładnej identyfikacji DNA do poziomu gatunku.

Trudności w oszacowaniu liczebności

Liczba sekwencji DNA lub wartości stężeń nie stanowią prostej, uniwersalnej miary liczby obecnych organizmów.

Niepewność przestrzenna

Ruch wody może przenosić DNA ze źródła, utrudniając identyfikację dokładnej lokalizacji organizmu.

Te ograniczenia oznaczają, że wyniki eDNA należy łączyć z wiedzą ekologiczną i innymi metodami badawczymi.

13. Łączenie eDNA z tradycyjnymi badaniami morskimi

Najlepsze oceny różnorodności biologicznej często łączą wiele źródeł dowodów.

Na przykład program badań morskich może łączyć:

• próbkowanie wody eDNA
• Fotografia podwodna
• Obserwacje wideo
• Ryby wizualne badania
• Próbkowanie planktonu
• Mapowanie siedlisk
• Pomiary środowiskowe

Każda metoda dostarcza innego rodzaju informacji.

Badania wizualne mogą dokumentować organizmy i ich zachowanie. eDNA może ujawnić ślady genetyczne, które mogą nie być widoczne w krótkim okresie obserwacji.

Łączenie metod może zwiększyć pewność ocen różnorodności biologicznej i pomóc naukowcom zrozumieć mocne i słabe strony każdego podejścia.

14. Możliwy plan badań eDNA dla wyspy Saona

Proponowane badania wokół wyspy Saona można podzielić na kilka etapów.

Etap 1: Projekt badań

Określ pytanie badawcze i wybierz organizmy docelowe lub szerokie grupy taksonomiczne.

Etap 2: Wybór miejsca

Wybierz miejsca pobierania próbek w oparciu o typy siedlisk, dostępność, cele badawcze i względy środowiskowe.

Etap 3: Pobieranie próbek pilotażowych

Pobierz próbki wstępne w celu sprawdzenia praktycznej przydatności wybranych procedur pobierania i filtracji.

Etap 4: Pobieranie próbek głównych

Pobierz replikowane próbki w wybranych miejscach i, jeśli to konieczne, w różnych okresach pobierania próbek.

Etap 5: Analiza laboratoryjna

Wyekstrahuj DNA i zastosuj wybrane metody qPCR lub metabarkodowania.

Etap 6: Bioinformatyka

Przetwarzaj dane dotyczące sekwencji, porównuj je z referencyjnymi bazami danych i oceniaj wyniki kontroli jakości.

Etap 7: Interpretacja ekologiczna

Porównaj wykrycia w różnych lokalizacjach i okresach pobierania próbek, biorąc pod uwagę ruch wody, trwałość DNA i ograniczenia pobierania próbek.

Etap 8: Raportowanie i archiwizacja

Udokumentuj metody, kontrole, wyniki, niepewność i ograniczenia. Jeśli to możliwe, archiwizuj odpowiednie próbki, ekstrakty DNA i dane dotyczące sekwencji.

Oto proponowane ramy badawcze. Rzeczywista praca wymagałaby odpowiedniej wiedzy specjalistycznej, zezwoleń, protokołów pobierania próbek i zaplecza laboratoryjnego.

15. Przyszłość badań morskich eDNA

Badania nad środowiskowym DNA stale się rozwijają dzięki udoskonaleniom w sekwencjonowaniu, utrwalaniu próbek, testach molekularnych i analizie danych.

Potencjalne zmiany obejmują:

Przenośne narzędzia molekularne: Systemy terenowe mogą sprawić, że niektóre formy analizy DNA będą szybsze i bardziej dostępne.

Ulepszone biblioteki referencyjne: Lepsze genetyczne bazy danych mogą wspierać dokładniejszą identyfikację gatunków.

Automatyczna analiza danych: Narzędzia bioinformatyczne mogą pomóc w przetwarzaniu coraz większych zbiorów danych sekwencjonowania.

Długoterminowe monitorowanie: Powtarzane pobieranie próbek może pomóc w tworzeniu porównywalnych danych rejestrowania różnorodności biologicznej na przestrzeni czasu.

Zintegrowane monitorowanie środowiska: eDNA można łączyć z pomiarami jakości wody, teledetekcją i konwencjonalnymi badaniami biologicznymi.

W przypadku karaibskich środowisk przybrzeżnych technologie te mogłyby pomóc w bardziej kompleksowych badaniach, jeśli zostaną dokładnie sprawdzone i dostosowane do lokalnych warunków.

Często zadawane pytania

1. Co to jest DNA środowiska morskiego?

DNA środowiska morskiego to materiał genetyczny uwalniany przez organizmy do wody morskiej lub osadów morskich. Naukowcy zbierają próbki środowiskowe i analizują DNA, aby zbadać obecność biologiczną.

2. Czy badacze mogą zidentyfikować ryby na podstawie próbek wody morskiej?

Tak. Odpowiednie markery molekularne i referencyjne bazy danych mogą umożliwić naukowcom identyfikację sekwencji DNA powiązanych z rybami i innymi organizmami morskimi.

3. Czy pobieranie próbek eDNA wymaga łapania zwierząt?

Zwykle nie. Naukowcy mogą pobierać próbki wody lub osadu bez wychwytywania organizmów, których DNA może być obecne.

4. Co to jest metabarkodowanie DNA?

Metabarkodowanie DNA wykorzystuje wybrane markery genetyczne i wysokowydajne sekwencjonowanie w celu identyfikacji wielu grup biologicznych w próbce środowiskowej.

5. Jaka jest różnica między qPCR a metabarkodowaniem?

qPCR zazwyczaj testuje konkretny docelowy DNA, podczas gdy metabarkodowanie umożliwia przeszukiwanie wielu taksonów przy użyciu wybranych markerów genetycznych i sekwencjonowania.

6. Czy eDNA może udowodnić, że zwierzę znajduje się obecnie w miejscu pobrania próbki?

Nie samo w sobie. DNA może być transportowane przez wodę lub utrzymywać się po przemieszczeniu się organizmu. Wyniki należy interpretować w kontekście lokalnych warunków środowiskowych.

7. Czy eDNA może zmierzyć dokładną liczbę ryb na danym obszarze?

Nie jest to wiarygodne w przypadku prostego bezpośredniego obliczenia. Na stężenie DNA i liczebność sekwencji wpływa kilka czynników biologicznych, środowiskowych i technicznych.

8. Dlaczego kontrole są ważne w badaniach eDNA?

Kontrola pomaga zidentyfikować zanieczyszczenia, zweryfikować wydajność analityczną i zmniejszyć ryzyko nieprawidłowego wykrycia gatunku.

9. Czy badania morskiego eDNA potwierdziły istnienie konkretnych gatunków wokół wyspy Saona?

W tym artykule nie opisano przypadków wykrycia zweryfikowanych gatunków na podstawie badania eDNA wyspy Saona. Takie twierdzenia wymagałyby udokumentowanych wyników lokalnych badań.

10. Czy eDNA może zastąpić tradycyjne badania różnorodności biologicznej mórz?

Nie. Najlepiej nadaje się jako narzędzie uzupełniające obok obserwacji wizualnych, fotografii, pobierania próbek fizycznych i innych ustalonych metod monitorowania.

Wnioski

DNA środowiska morskiego oferuje naukowcom cenną metodę badania różnorodności biologicznej na podstawie materiału genetycznego pozostawionego w wodzie morskiej i osadach. Łącząc staranne pobieranie próbek, ekstrakcję DNA, analizę molekularną i wiarygodne referencyjne bazy danych, naukowcy mogą identyfikować sygnały biologiczne, które mogą być trudne do bezpośredniej obserwacji.

W przypadku wyspy Saona eDNA mogłoby zapewnić przydatne ramy dla przyszłych badań różnorodności biologicznej morza i monitorowania jej ochrony. Jednak wykrycie DNA należy interpretować ostrożnie, ponieważ zanieczyszczenie, ruch wody, degradacja DNA i niekompletne referencyjne bazy danych mogą mieć wpływ na wyniki.

Ocean zawiera wiele śladów biologicznych, które są niewidoczne dla ludzkiego oka. Środowiskowe DNA daje naukowcom inny sposób badania tych śladów i lepszego zrozumienia ekosystemów morskich.